Майбутній святитель Петро (Могила) народився 21 грудня 1596 року в Сучаві, був третім сином у благочестивому сімействі високородних молдавських бояр Могила (у сучасній румунській транскрипції – Мовіле), які на той час займали господарські престоли Дунайських князівств. У Хрещенні був названий на честь святителя Петра Московського, оскільки народився у день його пам’яті. Його батько Симеон Могила був у 1600–1602 роках господарем Валахії, а з 1606 року до своєї смерті у 1607 році – господарем Молдови. У 1612 році Могилам, після поразки їх Кантеміром Мурзою, який зайняв господарство, довелося тікати до Польщі, де мали сильні і багаті родичі.
Освіту здобув у Львівському братському училищі у православному дусі, ворожому унії. Продовжив свою освіту мандрівкою за кордон, де слухав лекції у різних університетах – зокрема, вислухав курс словесних наук та богослов’я у Паризькому університеті.
Служив у польських військах та відзначився у битві під Хотином. Однак, ймовірно, під впливом Київського митрополита Іова (Борецького) вирішив залишити військову службу та прийняти духовний сан. Близько 1624 року він вступив до Києво-Печерської Лаври, щоб розділити долю гнаних польською владою православних ченців. На той час тут зібралося чимало високоосвічених та діяльних ченців, йшов переклад святоотцівських книг, складання та публікація праць на захист православ’я. У такому середовищі він довершив свою освіту.
З благословення митрополита Іова та архімандрита Лаври Захарії (Копистенського), за свої кошти відправив за кордон кілька здібних молодих людей для вдосконалення в науках.
У 1627 році, по кончині архімандрита Захарії, на вимогу вчених ченців, був обраний архімандритом Лаври. Його опікою було оновлено церкву Успіння Божої Матері, прикрашено святі печери, повернуто під керування Лаври стародавній Пустинно-Миколаївський монастир, засновано Голосіївську пустелю, на його рахунок влаштовано притулок.
Будучи номінально підпорядкований Константинопольському патріарху як ставропігійний «великий архімандрит», був непідвладний Київському митрополиту. Петро був близький з митрополитом Іовом (Борецьким) – останній, помираючи, залишив Петру свою бібліотеку і призначив його душоприказником. Але з його наступником, митрополитом Ісаї (Копинським), у Петра склалися менш довірливі відносини – на думку деяких істориків, ворожі. Цим протистоянням, можливо, було зумовлено те, що Петро взявся за заснування нового православного просвітницького центру, незважаючи на вже існуюче Київське братське училище.
Архімандрит Петро багато сил поклав і на заснування нового вищого духовного училища при Лаврі – першого свого роду в східнослов’янських землях. Після повернення посланих за кордон юнаків він поставив їх учителями, а також взяв учених із Львівського братства. Організував у Лаврі перший гуртожиток для бідних учнів, давши для утримання училища кілька сіл зі свого маєтку та Лаврських волостей. Нове училище «для викладання вільних наук грецькою, слов’янською та латинською мовами» відкрилося 1631 року. Незабаром, коли київські братчики визнали його охоронцем і опікуном своєї школи та підкорили її виключно владі Константинопольського патріарха, Петро поєднав свою Лаврську школу з братньою. Цю справу благословили патріарх Константинопольський Кирило (Лукар), митрополит Київський Ісая (Копинський-Борисович), письмово схвалили православні єпископи та найзнатніше духовенство та Лаврське братство.
На той час польський спадкоємець престолу королевич Владислав показав себе готовим дати православним право легального існування. Тоді ж на сеймі митрополит Ісая був оголошений позбавленим сану і православні делегати обрали новим митрополитом Петра (Могилу) із збереженням за ним Лаврського архімандритства.
Тут же на сеймі, вже як обраний митрополит, Петро Могила почав клопотати про перетворення влаштованої Братсько-Богоявленської школи в академію. Римо-католицьке та уніатське духовенство, а також деякі з найзнатніших членів сейму рішуче проти цього. Але король не наважився відновлювати проти себе православних і за невідступним клопотанням Петра Могили дав йому привілей, де замість академії , училище було названо колегією з широким курсом богослов’я та філософії.
Після вступу на митрополичий престол, Петро Могила приступив до влаштування Київської колегії, яка незмінно користувалася його особливою увагою та отримала на його честь назву Могилянської. Вона була цілком влаштована та забезпечена, хоч і зазнавала утисків київського воєводи. Києво-Могилянська колегія стала першим вищим навчальним закладом на східнослов’янських землях. Щоб протистати сучасній римо-католицькій вченості на тому ж рівні, митрополит Петро запозичив весь лад нової школи з латино-польських зразків, які таким чином прищепив у південноруському православному середовищі. Згодом митрополит завів ще й найнижче училище у Вінниці.
Повернув і відновив низку древніх київських святинь. Він повернув захоплені раніше уніатами Софійський собор та Видубицький монастир. Відновив та влаштував храм Спаса на Берестові та храм Трьох святителів – останній віддав Братському мастиреві. У 1635 були відриті і очищені від руїн залишки Десятинної церкви, під руїнами якої набули мощі рівноапостольного князя Володимира. Поблизу руїн митрополит Петро того ж року посадив липу. Кошти на відновлення церков і монастирів надходили з Лаври, з особистого майна митрополита, з пожертв благочестивих людей, з пожалування Московського царя.
Велику увагу звертав на видання церковних книг, причому вимагав, щоб жодні книги не друкувалися без їхнього звіряння з грецькими оригіналами. Були значно переглянуті, поповнені та видані Служебник, Тріодь та Требник з важливими настановами для священнослужителів. Божественні служби при митрополиті стали відбуватися особливо урочисто та благолепно. Митрополит Петро активно вводив і відновлював у слов’янському середовищі грецькі молитви та чинопослідування. У його Требнику, наприклад, запроваджено молитву святителя Софронія Єрусалимського на Велике водоосвячення, у його Пісній Тріоді вперше у слов’янському світі з’явився повний Синодик у Тиждень православ’я – один із найзначніших віровчальних документів Православної Церкви.
За владики Петра була прославлена праведна Іуліанія, княжна Ольшанська. Докладав зусиль до загальноцерковного прославлення Печерських святих, при ньому було складено Патерика Печерського.
Митрополит Петро цілком володів латинською та грецькою. Життя вів строго аскетичне. Благогів перед Києво-Печерською Лаврою і вважав її місцем особливої присутності Божої.
Перед смертю заповідав Київській колегії свою бібліотеку, придбану для неї нерухому власність та значну суму грошей, а наставників її зобов’язав, щоб вони жили за його правилами і щочетверга робили про нього поминання.
Багато заповідав він Лаврі та іншим монастирям і церквам, спорудженим ним із руїн. Помер 31 грудня 1646, у ніч на 1647 рік. Згідно із заповітом, був похований у склепі Успенської великої церкви Києво-Печерської Лаври, під лівим кліросом у середній частині храму.
Тіло митрополита Петра відпочивало на місці поховання аж до Другої світової війни. У листопаді 1941 року Велику Лаврську церкву висадили в повітря, причому вибухівку заклали саме біля місця поховання святителя. Труна з останками виявилася повністю знищена, збереглися лише срібні пластини з родовим гербом та епітафією, які у 1982 році були знайдені при розкопках археологічною експедицією під керівництвом В. Харламова.
