Народився в Трапезунді, в благочестивій християнській сім’ї, і названий був Авраамієм. Рано осиротівши, він виховувався в однієї благочестивої черниці, наслідуючи її у чернечому житті, пості та молитві.
Освіту святий продовжив у Візантії. Досконало вивчивши різні науки, він став наставником юнацтва. Після знайомства з преподобним Михайлом Малеїном, знехтувавши всією мирською метушнею, святий віддалився в Кімінський монастир у Малій Азії, де прийняв чернечий постриг з ім’ям Афанасій. В обителі преподобний Афанасій з ретельністю виконував монастирські послухи, а у вільний час займався переписуванням священних книг. Відомо, що він переписав Чотириєвангеліє та Апостол.
Тривалими постами, пильнуваннями, колінопреклоніннями, виснажливими працями преподобний Афанасій досяг такої досконалості, що в 960 р. з благословення ігумена оселився для пустельножительства на Святій Горі Афон. Підступний диявол, бажаючи вигнати його звідси, боров святого безперестанними помислами піти з місця подвигів. Але преподобний Афанасій перемагав підступи ворога молитвою, під час якої отримав дар зворушливих сліз.
За деякий час преподобний заснував на Афоні гуртожитковий монастир із суворим статутом, де і був ігуменом. Слава про обитель та її ігумена-подвижника поширилася всюди, так що навіть ігумени багатьох монастирів і архієреї бажали бути простими ченцями в Лаврі преподобного Афанасія.
За своє святе життя преподобний Афанасій удостоївся від Господа дару прозорливості та чудотворення: знаменням хреста він зціляв хворих і виганяв нечистих духів. Сама Пречиста Богородиця благоволила до святого і кілька разів з’являлася преподобному, обіцяючи великій Лаврі свою невичерпну допомогу і захист.
Передбачаючи свою кончину, преподобний просив братію не спокушатися про те, що станеться. Давши братії останню настанову і помолившись, він зійшов разом з іншими шістьма братіями на верх храму оглянути будівництво. Раптом невідомо як верх храму обрушився, і преподобний з братією були завалені камінням і там віддали свої душі в руки Божі. Смерть святого настала в 1000-1001 рр.
Тіло преподобного Афанасія, пролежавши непохованим три дні, не змінилося, не набрякло і не потемніло. А під час похоронних піснеспівів із рани, що була на нозі, всупереч природі потекла кров. Деякі старці збирали цю кров у рушники, і багато хто через неї отримував зцілення від своїх хвороб.
